Nhằm hoàn thiện bộ máy tổ chức, nâng cao chất lượng hoạt động, Ban DDCN đã ban hành quyết định thành lập và qui chế tổ chức hoạt động của 11 phòng, ban, đơn vị, bao gồm:

- Văn phòng

- Phòng kế hoạch – đầu tư

- Phòng tài chính – kế toán

- Phòng chính sách – pháp chế

- Phòng kỹ thuật – chất lượng

- Ban điều hành dự án 1

- Ban điều hành dự án 2

- Ban điều hành dự án 3

- Ban điều hành dự án 4

- Ban điều hành dự án 5

Và Trung tâm dịch vụ tư vấn

Đến nay số lượng công chức, viên chức và người lao động tại Ban là 132, gồm 54 đảng viên, 01 công chức, 98 viên chức, 6 nhân viên theo Nghị định 68 và 27 nhân viên hợp đồng. Trong đó, trình độ trên đại học 23 người, đại học 99 người.